南京大學數(shù)學系源于中央大學數(shù)學系和金陵大學數(shù)學系。中大數(shù)學系的前身是1921年成立的國立東南大學數(shù)學系，創(chuàng)辦者是熊慶來教授。

1952年高等院校調整，1955年與天文系合并成立了南京大學數(shù)天系，1961年數(shù)天系分離回復成數(shù)學系和天文系，1978年計算機技術從數(shù)學系分離成立計算機系，此后數(shù)學系的基本格局保持不變。

南京大學數(shù)學系以歷史悠久、實力雄厚、治學嚴謹而著稱。自建系以來，一批杰出的數(shù)學家先后在系執(zhí)教，奠定了本系的學科構架和特色，形成較為完備的教學體系，其學術影響一直處于國內領先地位，蜚聲海外。

數(shù)學系現(xiàn)有數(shù)學與應用數(shù)學(教育部特色專業(yè)建設點)、信息與計算科學、統(tǒng)計學三個本科專業(yè)，形成了本科生、碩士生、博士生和博士后的完整培養(yǎng)體系。數(shù)學系著力提升國家一級重點學科、國家理科基礎科學研究和教學人才培養(yǎng)基地的內涵，鞏固和做強已有的優(yōu)勢學科方向，同時帶動其它方向的發(fā)展，形成了若干個在國內有重要影響、特色鮮明的研究方向。動力系統(tǒng)、微分方程、數(shù)論與K理論、科學工程計算等方向在國際上已經(jīng)有了較大的影響。

南京大學數(shù)學學科是國家一級重點學科、國家理科基礎科學研究和教學人才 培養(yǎng)基地、數(shù)學拔尖人才培養(yǎng)基地、江蘇省優(yōu)勢學科，擁有數(shù)學和統(tǒng)計學兩個一級學科(其中數(shù)學為國家一級重點學科、統(tǒng)計學為江蘇省一級重點學科)，擁有 國家“211”三期重點建設項目 1 個、國家“985”工程科技創(chuàng)新Ⅱ級平臺 1 個、 教育部創(chuàng)新團隊 1 個，江蘇省省級實驗教學與實踐教育中心 1 個，已進入 ESI 全球學科排名前 1%。