取得二級特別關(guān)注企業(yè)專用發(fā)票如何辦理退稅，以下是數(shù)豆子整理的內(nèi)容。

退稅機(jī)關(guān)對自查表分析核查后未發(fā)現(xiàn)明顯疑點(diǎn)的，可根據(jù)審核、審批程序辦理出口退稅。核查后不能排除明顯疑點(diǎn)的，應(yīng)通過函調(diào)系統(tǒng)向出口貨物供貨企業(yè)所在地縣以上稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)函調(diào)查，并依據(jù)復(fù)函情況按規(guī)定進(jìn)行處理。

未收到復(fù)函前，對于尚未辦理的出口退稅，暫不辦理。對于復(fù)函確認(rèn)供貨企業(yè)存在虛開增值稅專用發(fā)票等問題，不得辦理出口退稅。對于復(fù)函確認(rèn)供貨企業(yè)存在涉嫌虛開增值稅專用發(fā)票等疑點(diǎn)，暫緩辦理出口退稅。待復(fù)函稅務(wù)機(jī)關(guān)再次復(fù)函排除相應(yīng)疑點(diǎn)后，方可辦理出口退稅。對于正常業(yè)務(wù)復(fù)函，退稅機(jī)關(guān)應(yīng)根據(jù)出口退稅審核審批相關(guān)規(guī)定辦理出口退稅。

根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于下發(fā)第一批出口退稅審核特別關(guān)注信息的通知》(國稅函[2010]143號)第一條規(guī)定，出口企業(yè)從第一批出口退稅審核特別關(guān)注信息所列供貨企業(yè)購貨出口申報退稅，尚未通過審核或雖已通過審核但尚未辦理退稅的，各地稅務(wù)機(jī)關(guān)要通過發(fā)函調(diào)查或?qū)嵉睾瞬榈仁侄渭哟蟪隹谕硕悓徍肆Χ龋藢?shí)無問題后方可辦理退稅。對已辦理退稅的，如核查發(fā)現(xiàn)問題，按有關(guān)規(guī)定處理。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于下發(fā)第二批出口退稅審核特別關(guān)注信息的通知》(國稅函[2010]171號)第二條規(guī)定，出口退稅審核系統(tǒng)將在出口退稅審核過程中，自動比對出口企業(yè)申報信息與出口退稅審核特別關(guān)注信息并作出提示：

1。經(jīng)比對發(fā)現(xiàn)出口企業(yè)從出口退稅審核特別關(guān)注信息所列供貨企業(yè)購貨出口申報退稅的，各地稅務(wù)機(jī)關(guān)要加大出口退稅審核力度，核實(shí)后按規(guī)定辦理。

2.經(jīng)比對發(fā)現(xiàn)出口企業(yè)使用虛開增值稅專用發(fā)票申報退稅的，應(yīng)立即轉(zhuǎn)稽查部門處理。

3.經(jīng)比對發(fā)現(xiàn)出口企業(yè)從特別關(guān)注信息所列辦理稅務(wù)登記兩年以內(nèi)注銷的增值稅企業(yè)以外的企業(yè)購貨出口申報退稅的，要對出口企業(yè)貨物起運(yùn)地、購進(jìn)貨物的貨款支付、運(yùn)費(fèi)支付等情況進(jìn)行核查，查清出口企業(yè)貨物流、資金流是否合理。需進(jìn)一步核實(shí)的，要通過函調(diào)或?qū)嵉睾瞬楹藢?shí)其真實(shí)供貨、生產(chǎn)能力及納稅等情況。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)問題的通知》(國稅函[2009]617號)中"增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發(fā)票、公路內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票和機(jī)動車銷售統(tǒng)一發(fā)票，應(yīng)在開具之日起180日內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理認(rèn)證，并在認(rèn)證通過的次月申報期內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報抵扣進(jìn)項稅額"的規(guī)定。未在規(guī)定期限內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理認(rèn)證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進(jìn)項稅額抵扣。《國家稅務(wù)總局關(guān)于廢止逾期增值稅扣稅憑證一律不得抵扣規(guī)定的公告》(國家稅務(wù)總局公告2011年第49號)主要內(nèi)容是：廢止《國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)國家稅務(wù)總局關(guān)于全面推廣應(yīng)用增值稅防偽稅控系統(tǒng)意見的通知》(國辦發(fā)〔2000〕12號)中的第三條"凡逾期未申報認(rèn)證的，一律不得作為扣稅憑證，已經(jīng)抵扣稅款的，由稅務(wù)機(jī)關(guān)如數(shù)追繳，并按《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處罰"的規(guī)定。《國家稅務(wù)總局關(guān)于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務(wù)總局公告2011年第50號)規(guī)定：對增值稅一般納稅人發(fā)生真實(shí)交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核、逐級上報，由國家稅務(wù)總局認(rèn)證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進(jìn)項稅額。增值稅一般納稅人由于除本公告第二條規(guī)定以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應(yīng)按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。所以，增值稅一般納稅人在2010年1月1日后取得的增值稅專用發(fā)票，除另有規(guī)定外，仍應(yīng)在開具之日起180日內(nèi)到稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理認(rèn)證，并在認(rèn)證通過的次月申報期內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報抵扣進(jìn)項稅額。如您公司因客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，可按照(國家稅務(wù)總局公告2011年第50號)公告附件《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》的規(guī)定，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請辦理逾期抵扣手續(xù)。

取得二級特別關(guān)注企業(yè)專用發(fā)票如何辦理退稅？綜合以上內(nèi)容所述，其實(shí)我們都知道針對企業(yè)辦理退稅的情況，往往都是需要準(zhǔn)備自查表向主管機(jī)關(guān)申請的，然后再由部門審核無誤后退稅；如果審查有疑點(diǎn)的都會請求當(dāng)?shù)剡M(jìn)行協(xié)查的，這里還有很多相關(guān)的資料可以免費(fèi)學(xué)習(xí)的，歡迎你們來關(guān)注本網(wǎng)站。